Thị trấn Bát Xát được thành lập vào ngày 28 tháng 5 năm 1994 trên cơ sở 149 ha diện tích tự nhiên với 2.495 người của xã Bản Qua, bao gồm các thôn Lá Nuộc, Đông Phón, Đông Thái, Bản Lợi.[1]

Đến năm 2019, thị trấn Bát Xát có diện tích 3,34 km², dân số là 5.010 người, mật độ dân số đạt 1.500 người/km², có 11 tổ dân phố được đánh số từ 1 đến 11.

Ngày 11 tháng 2 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 896/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã thuộc tỉnh Lào Cai (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 3 năm 2020)[3]. Theo đó, điều chỉnh 11,90 km² diện tích tự nhiên và 1.923 người thuộc 5 thôn: Bản Trung, Châu Giàng, Bản Náng, Làng Mới của xã Bản Qua vào thị trấn Bát Xát.

Sau khi điều chỉnh, thị trấn Bát Xát có diện tích 15,24 km², dân số là 6.933 người.